V letech 1850-1888 vlála na ostrovech vlajka království Rarotonga (1), v letech 1888-1893 doplněna o Union Jack (2). V roce 1893 byly hvězdy odstraněny a namísto nich se ve středu Union Jacku objevila kokosová palma v bílém kruhovém poli (3). Po přičlenění k Novému Zélandu se používal britský Union Jack, resp. novozélandská vlajka (po jejím oficiálním schválení v roce 1902). Za vlády Strany Cookových ostrovů (1973-1979) se užívala zelená vlajka s kruhem žlutých hvězd (4). Když ve volbách zvítězila Demokratická strana, změnila se vlajka tak, že barva hvězd se změnila na bílou a takto upravené hvězdy byly umístěny do vlající části britské modré služební vlajky. Barvy SCO (zelená a žlutá) byly nahrazeny barvami DS (modrou a bílou). V referendu v roce 1994 byla potvrzena vedle národní hymny a názvu státu i stávající vlajka.
